اعلن حزب الحرية والعدالة المصري رفضه القاطع لما وصفه بـ"الإنقلاب العسكري" على الرئيس "المنتخب" محمد مرسي عبر بيان القوات المسلحة الذي اعلن فيه وزير الدفاع عبد الفتاح السيسي عن عزل مرسي وتعيين رئيس المحكمة الدستورية عدلي منصور رئيسا مؤقتا للمرحلة الانتقالية. واعتبر الحزب ان الجيش "أعطى صلاحية اصدار إعلانات دستورية لقيادة غير منتخبة تقسم اليمين في حماية الدبابات والمدرعات".
واكد الحزب في بيان نشره الخميس 4 يوليو/تموز على صفحته في موقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك" أنه "سيقف بكل حسم ضد هذا الإنقلاب العسكري، ولن يتعاون مع إدارة البلاد الحالية المغتصبة لسلطة الحكم، وسيظل يعمل لعودة الشرعية مع كل القوى الرافضة للإنقلاب، ويطالب الحزب كافة القوى الشعبية والحزبية بإعلان مواقفها الواضحة القاطعة، إما مع إرادة الشعب الحرة أو مع انقلاب عسكري كامل على الإرادة الشعبية".
وشدد على انه "سيظل مشاركا في كل الفعاليات السلمية الرافضة للإنقلاب وسط الشعب، وضد الممارسات القمعية التي أطلت برأسها، وضد القتل الممنهج الذي بدأته قوات الأمن ضد المتظاهرين السلميين، وضد إغلاق منافذ التعبير ومصادرة حرية الرأي والتي بدأت باعتقال رئيس الحزب الدكتور محمد سعد الكتاتني و مطاردة بعض رموزه و قياداته".
هذا وكانت كل من جماعة "الاخوان المسلمين" وحزب "النور" و"الدعوة السلفية" قد طالبت من جهتها مؤيدي الرئيس المعزول محمد مرسي بالانسحاب من الميادين لمنع التصادم وتجنب الحرب الاهلية واراقة الدماء.